Esta Igreja data do ano de 1370, quando D. Fernando e D. Leonor se refugiam em Abrantes para fugir à peste que estava a devastar a cidade de Lisboa.
Segundo reza a história, a rainha D. Leonor recebeu o convite para vir até Sardoal, devido às várias fontes da Vila e que respondiam a vários tipos de doenças. A monarca gostou de tal maneira da vila que decidiu mandar construir ali uma pequena ermida. Foi criada uma confraria que passou a receber doações de fiéis. As dádivas ultrapassaram as despesas, permitindo ajudar os mais desfavorecidos.
A capela original foi em 1551 substituída pela atual igreja.
A imagem da Virgem da Misericórdia data do século XV, de uma altura em que doenças como a peste fizeram com que os cristãos pedissem proteção superior. É neste contexto que começam a surgir as primeiras imagens de Nossa Senhora.
A nível arquitetónico, destaque para o pórtico renascentista da fachada principal, de pedra de Ançã, atribuído a João de Ruão, um dos escultores mais importantes do Renascimento em Portugal. Carregado de pormenores, que podem passar despercebidos, esta obra meticulosa expressa o cuidado com os mais necessitados.